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操作说明
基于Raup-Crick指数计算群落的确定性和随机性
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基于Raup-Crick指数计算群落的确定性和随机性
操作说明

a)登录TUTU云平台(https://www.cloudtutu.com/#/login),点击登录;

b)默认账号密码已填好,输入验证码即可登录;

c)找到“基于Raup-Crick指数计算群落的确定性和随机性”进入作图界面。


1.说明

TUTUCLOUD网站提供在线实现基于Raup-Crick指数计算群落的确定性和随机性的分析工具。


2.上传文件

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器可以识别)

a)准备一个数据矩阵(形式参照示例数据,如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表等);

b)表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU、ASV、基因ID、代谢物名称等;

c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。


3.参数设置

3.1 在界面右侧编辑分组信息:需要对所有样品进行分组,本网站支持在线修改分组名称的功能。

      有在线输入(方式一)和手动粘贴(方式二)两种方式。(绘图前必须检查分组名称)

3.2 颜色方案选择:本平台提供默认配色、Nature、Science、新英格兰医学杂志、柳叶刀、美国医学学会杂志、

      肿瘤学杂志、UCSC基因组等配色方案选择

3.3 横/纵坐标字体大小:按需求自行选择

3.4 元素大小:显示元素的图形大小

3.5 是否显示标签:按需求自行选择

3.6 标签字体大小:按需求自行选择


4.下载文件

点击“运行”开始作图,点击“下载”保存结果文件。其中PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。


结果文件:

      

5.作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。


6.写作建议

Spearman/Pearson correlation by xxx abundance. Only significant values (p < 0.05/0.01 after FDR adjustment) are shown. Orange and blue colors (替换颜色) represent significant negative correlations and positive correlations. Darker color represents stronger correlations







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