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操作说明
无生物学重复的差异分析
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无生物学重复的差异分析
操作说明

a)登录TUTU云平台(https://www.cloudtutu.com/#/login),点击登录;

b)默认账号密码已填好,输入验证码即可登录;

c)找到“无生物学重复的差异分析”进入作图界面。


1.说明

差异分析在转录组分析中运用广泛,它是计算两组间差异表达的基因的分析,常包含差异表达水平分析、重复相关性评估、差异表达基因聚类分析等等。一般定义基因表达量差异倍数>2、并且P值(或Q值)小于0.05为显著差异表达的基因具有统计学意义。TUTUCLOUD网站提供在线进行差异分析的工具,实现差异分析的可视化。以下是无生物学重复的差异分析工具使用说明书。


2.上传文件

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器可以识别)

a)准备一个数据矩阵(形式参照示例数据,如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表等);

b)表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU,基因ID、代谢物名称等。

c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。


3.参数设置

3.1 p值大小:按需求自行设置

3.2 FC值:按需求自行设置


4.下载文件

点击“运行”开始作图,点击“下载”保存PDF格式的矢量图。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。


5.作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。


6.写作建议

Spearman/Pearson correlation by xxx abundance. Only significant values (p < 0.05/0.01 after FDR adjustment) are shown. Orange and blue colors (替换颜色) represent significant negative correlations and positive correlations. Darker color represents stronger correlations


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