带聚类树的堆叠柱状图

a)登录TUTU云平台(https://www.cloudtutu.com/#/login),点击登录；

b)默认账号密码已填好，输入验证码即可登录；

c)找到“带聚类树的堆叠柱状图”进入作图界面。

1.说明

在微生物群落分析中，带聚类树的堆叠柱状图是常见的可视化图形之一，它是聚类分析的树状图与堆叠柱状图的组合，不仅可以直观地反映样本所含不同元素的组成差异并比较总数的区别，同时还能显示样本或分组间的相似性。

2.上传文件

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。

平台可对不规范的数据格式进行部分处理，但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别。

a) 准备一个数据矩阵（形式参照示例数据，如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表，也可以是测量数据，例如身高、体重、表型等）；

b) 表格需要带表头和列名，每一列为样本名，每一行为各种指标数据名，例如OTU、基因ID、身高、代谢物名称等。

c) 请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为：全选excel中的所有内容（ctrl+A），复制到记事本中，将记事本文件另存后上传该文件。

3.参数设置

3.1在界面右侧编辑分组信息：需要对所有样品进行分组，本网站支持在线修改分组名称和样品名称的功能。

3.2方法选择：bray、jaccard、gower、altGower、manhattan、horn、chao

3.3 绘图数量：选择元素数量

4.下载文件

点击“运行”开始作图，点击“下载”保存PDF格式的矢量图。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。

5.作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图，可通过矢量图处理软件进行编辑和调整（如：文字字体，文字大小，图片分辨率等）。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。

6.写作建议

Spearman/Pearson correlation by xxx abundance. Only significant values (p < 0.05/0.01 after FDR adjustment) are shown. Orange and blue colors (替换颜色） represent significant negative correlations and positive correlations. Darker color represents stronger correlations