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操作说明
Unifrac PCoA
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Unifrac PCoA
操作说明

a)登录TUTU云平台(https://www.cloudtutu.com/#/login)点此登录;

b)默认账号密码已填好,输入验证码即可登录;

c)找到“Unifrac PCoA”进入作图界面。


1.说明

UniFrac分析利用各样品序列间的进化信息来比较环境样品在特定的进化谱系中是否有显著的微生物群落差异。 UniFrac 可用于beta 多样性的评估分析,即对样品两两之间进行比较分析,得到样品间的unifrac距离矩阵。Unifrac 分析得到的距离矩阵可用于多种分析方法,可通过多变量统计学方法PCoA 分析,直观显示不同环境样品中微生物进化上的相似性及差异性。

2. 上传文件

目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。

平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器可以识别。

a) 准备个数据矩阵(形式参照示例数据,如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表,也可以是测量数据,例如身高、体重、表型等)和一个otu序列表

b) 丰度文件表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU基因ID、身高、代谢物名称等

c) 请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后上传该文件。

文件一:丰度文件

         

文件二:otu序列

3.参数设置

3.1在界面右侧编辑分组信息需要对所有样品进行分组,本网站支持在线修改分组名称和样品名称的功能。

3.2筛选显示种类:按需自行选择要用的样本进行作图

3.3方法选择:Weigthted   UniFrac、Weigthted   UniFrac、Variance adjusted weighted UniFrac、GUniFrac with alpha 0、GUniFrac with alpha 0

3.4横纵坐标字体大小:按需求自行设置

3.5元素大小:显示前多少的元素

3.6是否添加椭圆:

椭圆一:按照正常计算方式得到分组椭圆(有些结果可能加不上分组椭圆,如下)

       椭圆二:强行添加分组椭圆。

       否:不添加分组椭圆

        “椭圆1”                                “椭圆2”                              “否”

      

3.7 椭圆粗细:按需求自行设置

3.8是否显示标签:是、否

3.9标签大小:按需求自行设置

4.下载文件

点击“运行”开始作图,点击“下载”保存PDF格式的矢量图或者表格。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。

5.作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。

6.写作建议

Spearman/Pearson correlation by xxx abundance. Only significant values (p < 0.05/0.01 after FDR adjustment) are shown. Orange and blue colors (替换颜色) represent significant negative correlations and positive correlations. Darker color represents stronger correlations


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