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操作说明
偏最小二乘回归分析法(PLS_DA)
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偏最小二乘回归分析法(PLS_DA)
操作说明

a)登录TUTU云平台(https://www.cloudtutu.com/#/login)点此登录;

b)默认账号密码已填好,输入验证码即可登录;

c)找到“偏最小二乘回归分析法(PLS_DA)”进入作图界面。


1.说明

偏最小二乘回归分析法(PLS_DA)是一种用于判别分析的多变量统计分析方法,通过投影分别将预测变量和观测变量投影到一个新空间,来寻找一个线性回归模型。PLS_DA分析根据观察或测量到的若干变量值,来判断研究对象如何分类,对不同处理样本(如观测样本、对照样本)的特性分别进行训练,产生训练集,并检验训练集的可信度。

2.上传文件

目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。

平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器可以识别。

a) 准备一个数据矩阵(形式参照示例数据,如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表,也可以是测量数据,例如身高、体重、表型等);

b) 表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTUASV、基因ID、身高、代谢物名称等

c) 请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后上传该文件。

3.参数设置

3.1在界面右侧编辑分组信息需要对所有样品进行分组,本网站支持在线修改分组名称和样品名称的功能。

3.2筛选显示种类:按需自行选择要用的样本进行作图

3.3自定义标题按需求自行设置

3.4 是否添加椭圆:

                                           

3.5 是否显示样本:

                                       

    

3.6 横纵坐标字体大小、点的大小:按需求自行设置

4.下载文件

点击“运行”开始作图,点击“下载”保存PDF格式的矢量图。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。


5.作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。

6.写作建议

Spearman/Pearson correlation by xxx abundance. Only significant values (p < 0.05/0.01 after FDR adjustment) are shown. Orange and blue colors (替换颜色) represent significant negative correlations and positive correlations. Darker color represents stronger correlations


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