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操作说明
丰度等级曲线
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丰度等级曲线
操作说明

a)登录TUTU云平台(https://www.cloudtutu.com/#/login)点此登录;

b)默认账号密码已填好,输入验证码即可登录;

c)找到“丰度等级曲线”进入作图界面。

1.说明

丰度等级曲线(Rank abundance curve)在群落分析中,可以直接反应群落中高丰度和稀有ASV/OTU的数量,该曲线将每个样品的按其丰度大小延横坐标依次排列,并以各自的丰度值为纵坐标,用折线或曲线将各asv/otu互相连接,从而反应各样本中ASV/OTU丰度的分布规律。

2. 上传文件

a)准备一个数据矩阵(形式参照示例数据,如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表,也可以是测量数据,例如身高、体重、表型等);

b)表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU,基因ID、身高、代谢物名称等。

c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后上传该文件。

丰度 (1).png

3. 设置参数


3.1横坐标字体大小:按需求自行设置

3.2 纵坐标字体大小:按需求自行设置

3.3 图片宽度:按需求自行设置

3.4 图片高度:按需求自行设置

3.5 横坐标标题:请用英文命名

3.6 纵坐标标题:请用英文命名


4. 下载文件

点击“运行”开始作图,点击“下载”保存PDF格式的矢量图。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。


5. 作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。


6.写作建议

Spearman/Pearson correlation by xxx abundance. Only significant values (p < 0.05/0.01 after FDR adjustment) are shown. Orange and blue colors (替换颜色) represent significant negative correlations and positive correlations. Darker color represents stronger correlations

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