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操作说明
和弦图
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和弦图
操作说明

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c)找到“和弦图”进入作图界面。

1.说明

和弦图(chord Diagram),是一种显示矩阵中数据间相互关系的可视化方法,节点数据沿圆周径向排列,节点之间使用带权重(有宽度)的弧线链接。 在微生物研究中,物种与样本关系的和弦图中,圆圈一边为物种名,另一边为样品名,各用不同颜色表示。物种丰度以百分比展示。连线表示某样本存在某物种,线段越粗,该物种含量越丰富。
和弦图用于探索实体组之间的关系。 它们被生物科学界广泛用于可视化基因数据,在Wired,New York Times和American Scientist等刊物上也被称为信息图表(info graphics)。

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2.上传文件

a)准备一个数据矩阵(如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表等);

b)表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU,基因ID、代谢物名称等。
c) 请提交txt(制表符分隔)文本文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后上传该文件。
3.设置参数
3.1 绘制数量:显示参与绘图的指标的个数,样品数目不变,可以选择图中指标的个数。
3.2 是否显示定向:选择是后,图中指标内圈中会出现对应的分组颜色

3.3 间距:圆周上各线段之间的空隙。   设置完参数点击运行,等待3-10面即可出图

4.下载文件

根据个人需求进行参数调整后点击运行,平台提供PDF和PNG格式的文件下载。同时,还可以下载相关性系数矩阵表。相关性系数矩阵可用于后续其他分析。
作图后处理
TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。

5.写作建议:Spearman/Pearson correlation by xxx abundance. Only significant values (p < 0.05/0.01 after FDR adjustment) are shown. Orange and blue colors (替换颜色) represent significant negative correlations and positive correlations. Darker color represents stronger correlation


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