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操作说明
维恩图
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维恩图
操作说明

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c)找到“维恩图”,进入作图界面。

1.说明

维恩图(Venn diagram)用于展示在不同的事物群组(集合)之间的联系。R 语言中的维恩图绘制有很多包,Vennerable(最多9维),VennDigram(最多5维),venn(最多7维),而UpSetR绘制的维恩图则更多,只是表现形式和其他图不太一样。以upset图动态统计并展示集合间共有/特有元素信息。统计样品之间的共有、特有元素。应用范围:适用于微生物、转录组、代谢组、单细胞等组学。如分析组间共有、特有物种;分析各比较组显著差异的共有、特有pathway/基因等。

2.上传文件

a)准备一个数据矩阵(如微生物物种丰度表、环境因子表、基因表达量矩阵、代谢物含量等)

b)表格需要带表头和列名,第一列为元素名,第一行为样品名,例如OTU,基因ID、代谢物名称等。
c)请提交txt(制表符分隔)文本文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后上传该文件。


3.设置参数
3.1 绘图类型:venn:样品个数少于5个推荐使用venn图;
Flower:样品个数≥6个,推荐使用花瓣图,只能显示共有和特有的元素个数;
Upset:可以很好地展示多个集合之间的共有特有元素。
3.2 字体大小:venn图中数字和字母的大小
3.3 颜色选择:对作韦恩图用的颜色进行选择。Venn图只能选择5种颜色,花瓣图随机分配。
3.4 筛选样品:对上传的表格中的样品筛选后显示在图片中。
4.下载文件
     根据个人需求进行参数调整后点击运行,平台提供PDF和PNG格式的文件下载。
5.   作图后处理
      TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。  

6.写作建议:Spearman/Pearson correlation by xxx abundance. Only significant values (p < 0.05/0.01 after FDR adjustment) are shown. Orange and blue colors (替换颜色) represent significant negative correlations and positive correlations. Darker color represents stronger correlations

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