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操作说明
CCA
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CCA
操作说明

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c)找到“CCA”进入作图界面。

1.说明

典型关联分析(Canonical Correlation Analysis,以下简称CCA)是最常用的挖掘数据关联关系的算法之一。

冗余分析(redundancy analysis, RDA)或者典范对应分析(canonical correspondence analysis, CCA)是基于对应分析(correspondence analysis, CA)发展而来的一种排序方法,将对应分析与多元回归分析相结合,每一步计算均与环境因子进行回归,又称多元直接梯度分析。

RDA或CCA的选择问题:RDA是基于线性模型,CCA是基于单峰模型。一般我们会选择CCA来做直接梯度分析。但是如果CCA排序的效果不太好,就可以考虑是不是用RDA分析。RDA或CCA选择原则:先用species-sample资料做DCA分析,看分析结果中Lengths of gradient 的第一轴的大小,如果大于4.0,就应该选CCA,如果3.0-4.0之间,选RDA和CCA均可,如果小于3.0, RDA的结果要好于CCA。

333.png

2. 上传文件

a)准备两个数据矩阵(如微生物物种丰度表、环境因子表、基因表达量矩阵、代谢物含量表,也可以是测量数据,例如身高、体重、表型等);


b)表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU,基因ID、身高、代谢物名称等。


c)请提交txt(制表符分隔)文本文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后上传该文件。


3. 参数设置

3.1方法选择:

hellinger,hellinger转化,就是总和标准化数据的平方根(default MARGIN=1),hellinger转化后的数据使用欧氏距离函数计算将得到hellinger距离矩阵。

normalize,模标准化,将数据除以每行或者每列的平方和的平方根(default MARGIN=1),模标准化后每行、列的平方和为1(向量的模为1),也即在笛卡尔坐标系中到原点的欧氏距离为1,样品分布在一个圆弧上,彼此之间的距离为弦长,因此也称为弦转化。在基于欧氏距离的PCA、RDA中分析群落数据可以将每个样方弦转化可以弥补欧氏距离的缺陷。弦转化后的数据使用欧氏距离函数计算将得到弦距离矩阵。

standardize,z-score标准化,最常用的标准化方法之一,将数据减去均值比上标准差(default MARGIN=2),z-score标准化后数据均值为0,方差为1,服从正态总体的数据标准化后服从标准正态分布。z-score标准化可以去除不同环境因子量纲的影响。

tota",总和标准化,将数据除以该行或者列的总和,也即求相对丰度(default MARGIN=1),总和标准化后数据全部位于0到1之间。

max,最大值标准化,将数据除以该行或者列的最大值(defaultMARGIN=2)。若数据非负,最大值标准化后数据全部位于0到1之间。

freq,数据矩阵除以行或列的最大值,并乘以非零值的个数

range,Min-max标准化,将数据减去该行或者列的最小值,并比上最大值与最小值之差(defaultMARGIN=2),Min-max标准化后的数据全部位于0到1之间。

pa, 将数据转换为有-无(1-0)类型,若分析不加权的情况群结构下可以使用。

chi.square,卡方转化,在默认(defaultMARGIN=1)的情况下是数据除以行的和再除以列的和的平方根,卡方转化后的数据使用欧氏距离函数计算将得到卡方距离矩阵。

log, 将数据(样本观察值)取自然对数(或者其他数为底的对数),可以使用log()函数来实现(log1p()可以将数据加1后取自然对数)。若是数据中有0或负值,可以全部数据加上一个数转换为正数。一般来说自然对数转换可以使0~1范围内的数据范围变大,可以使>1范围内数据范围变紧凑。


3.2横纵坐标字体大小:根据需求酌情选择。

3.3元素大小:图中代表样品的图表的大小。

3.4是否添加椭圆:

椭圆一:按照正常计算方式得到分组椭圆(有些结果可能加不上分组椭圆)

椭圆二:强行添加分组椭圆

否:不添加椭圆

3.5椭圆粗细:按需求调整

3.6 是否显示标签:根据需求酌情选择。

3.7 箭头颜色选择:图中代表环境因子的箭头颜色

3.8 箭头大小、箭头类型、线条粗细及虚实等:按需求调整

3.9 分组信息:整个页面的右下角(图片的下方)

需要对所有样品进行分组,本网站支持在线修改分组名称和样品名称的功能。

3.10 筛选显示种类:根据自己的需要,可以选择需要显示的样品。



4.下载文件

根据个人需求进行参数调整后点击运行,平台提供PDF和PNG格式的文件下载。


5. 作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。


6. 写作建议

Spearman/Pearson correlation by xxx abundance. Only significant values (p < 0.05/0.01 after FDR adjustment) are shown. Orange and blue colors (替换颜色) represent significant negative correlations and positive correlations. Darker color represents stronger correlations.

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