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操作说明
alpha多样性指数
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alpha多样性指数
操作说明

a)登录TUTU云平台(https://www.cloudtutu.com/#/login)点此登录;

b)默认账号与密码已填好,输入验证码即可登录;

c)找到“alpha多样性指数”进入作图界面。


1.说明

alpha多样性分析是微生物多样性分析中一个重要的组成部分,它主要关注局域均匀生境下的物种的多样性程度,对某个样品或多个样品进行物种丰度(Richness)和群落中个体分配的均匀度(Eveness)两个方面的研究。alpha多样性指数主要包括:Chao1、Ace、Shannon、Simpson、Richness、goods_coverage、Pielou、invsimpson等等,本网站提供以上这些指数的计算并实现箱线图形式的可视化。



2. 上传文件

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器可以识别)


  a)准备一个数据矩阵(形式参照示例数据,如微生物物种丰度表等);

  b)表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU、ASV等;

  c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。



3. 参数设置

3.1在界面右侧编辑分组信息:需要对所有样品进行分组,本网站支持在线修改分组名称的功能。

     有在线输入(方式一)和手动粘贴(方式二)两种方式。(绘图前必须检查分组名称)

3.2 筛选显示种类:按需自行选择要用的样本进行作图。(如无需要可以不填)



3.3 绘图类型选择:图形填充颜色选择:黑白、彩色

3.4 横纵向选择:图形横向或纵向设置


4.下载文件

点击“运行”开始作图,点击“下载”保存PDF格式的矢量图或者表格。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。


5.作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。


6.写作建议

Spearman/Pearson correlation by xxx abundance. Only significant values (p < 0.05/0.01 after FDR adjustment) are shown. Orange and blue colors (替换颜色) represent significant negative correlations and positive correlations. Darker color represents stronger correlations








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