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操作说明
NMDS
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NMDS
操作说明

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c)找到“NMDS”进入作图界面;

1.说明

非度量多维标度(Non-metric Multidimensional Scaling,NMDS)是一种将多维空间的研究对象(样本或变量)简化到低维空间进行定位、分析和归类,同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。
与PCoA相似,NMDS都使用样本相似性距离矩阵进行降维排序分析,但NMDS侧重反映距离矩阵中数值的排序关系,当样本或者物种数量过多的时候使用NMDS会更加准确。NMDS图形常用作微生物群落研究的β分析。
2. 上传文件
a) 准备一个数据矩阵(如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表,也可以是测量数据,例如身高、体重、表型等);
b) 表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU,基因ID、身高、代谢物名称等。
c) 重要:请提交txt(制表符分隔)文本文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后上传该文件。
3. 参数设置
3.1方法选择:本平台提供了4种加权方法:bray、jaccard、gower、altgower。
3.2横/纵坐标字体大小:根据需求酌情选择。
3.3元素大小:图中代表样品的图表的大小。
3.4是否添加椭圆:
椭圆一:按照正常计算方式得到分组椭圆(有些结果可能加不上分组椭圆)
    椭圆二:强行添加分组椭圆。
        否:不添加分组椭圆
3.5椭圆的粗细:调节椭圆边界线条的宽度
3.6 是否显示标签:是否在元素旁边显示样品名称。
3.7 分组信息:整个页面的右下角(图片的下方)
需要对所有样品进行分组,本网站支持在线修改分组名称和样品名称的功能。
4.8 筛选显示种类:根据自己的需要,可以选择需要用的样品进行作图。
4.   下载文件
根据个人需求进行参数调整后点击运行,平台提供PDF和PNG格式的文件下载。同时,还可以下载相关性系数矩阵表。相关性系数矩阵可用于后续其他分析。
5. 作图后处理
TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。
6. 写作建议

Spearman/Pearson correlation by xxx abundance. Only significant values (p < 0.05/0.01 after FDR adjustment) are shown. Orange and blue colors (替换颜色) represent significant negative correlations and positive correlations. Darker color represents stronger correlations.

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