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操作说明
微生物多样性曼哈顿图
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微生物多样性曼哈顿图
操作说明

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c)找到“微生物多样性曼哈顿图”进入作图界面。

1.说明

曼哈顿图(Manhattan Plot)本质上是散点图,一般用于展示大量非零的波动数据,散点在y轴的高度突出其属性异于其他低点。在微生物组成谱的分析中,曼哈顿图在展示差异OTUs/ASVs的上下调情况、差异OTUs/ASVs归属情况中有较好的效果。


一般来说,在微生物组成谱的曼哈顿图包括:

X轴:按OTUs或ASVs不同分类学水平的字母顺序排列。

Y轴:-log10(Pvalue);由于Pvalue的范围是从0-1,并且我们希望它越小越好,但直接展示时位于最下方,不符合直觉认知;因此,对Pvalue进行-log10转换,此时高显著性(Pvalue趋近零)的值被高位显示,独立于其他值。

水平线:一般表示显著性水平阈值,方便直观了解每个点的显著性水平;

散点色彩:一般用于展示分类学水平;

散点形状:一般用于展示富集情况;

散点大小:一般用于展示相对丰度值;

2. 上传文件

需要准备一个数据矩阵,表格的第一列为OTU ID,最后一列为OTU的注释信息,中间的列名为样品名称,每一行代表OTU的丰度(或数量)。


image (4).png


请提交txt(制表符分隔)文本文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后上传该文件。

3. 参数设置

a)   选择比较组:

上传文件后,系统根据样品名称自动识别分组方式。如果对系统提供的分组方案不满意,可以再页面的右下角自行修改样品名称和对应的分组名称,修改后记得点击保存按钮。如下图所示:


image (5).png

b)   如果样品数目太多,或者样品名称复杂,我们还支持输入分组信息:点击输入样品,将对应的样品分组信息粘贴到方框内。第一列为样品名,第二列为组名,直接从excel复制,然后粘贴到方框里(有无表头均可),点击确认即可,如图所示:



image (6).pngimage (7).png

c) Qvalue

曼哈顿图中虚线的位置为q value值(-log P),通常选取0.01或者0.05。

4. 下载文件

根据个人需求进行参数调整后点击运行,平台提供PDF和PNG格式的文件下载。


5.作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。


07 写作建议

Spearman/Pearson correlation by xxx abundance. Only significant values (p < 0.05/0.01 after FDR adjustment) are shown. Orange and blue colors (替换颜色) represent significant negative correlations and positive correlations. Darker color represents stronger correlations

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