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操作说明
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热图(heatmap)
操作说明

a)登录TUTU云平台(https://www.cloudtutu.com/#/login)点此登录‍;

b)默认账号密码已填好,输入验证码即可登录;

c)找到“相关性热图”进入作图界面。

说明

作为目前最常见的一种可视化手段,热图因其丰富的色彩变化和生动饱满的信息表达被广泛应用于各种大数据分析场景。在组学相关的文章中,我们常常可以看到热图(Heatmap)的展示,热图作为一种对实验数据及其结果分析的直观表达方式,在很多文章中有着不可或缺的地位。在基因表达量热图中,每个小方格表示每个基因,其颜色表示基因表达量的大小,通常表达量越大,颜色越深。每行表示该基因在不同样本中的表达情况。


上传文件

准备一个数据矩阵(形式参照示例数据,如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表,也可以是测量数据,例如身高、体重、表型等);

表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU,基因ID、身高、代谢物名称等。

请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后上传该文件。

image.pngimage (1).pngimage.png

参数设置:

是否对数据进行分组:选择是,则用同一个组内的样品平均值进行绘图,可以通过右侧分组信息栏对样品名称和分组进行编辑;选择否,则所有样品均在图中显示。

绘制数量:显示丰度排名前多少位的元素进行绘图

对数据矩阵进行均一化的方式,通常选择行均一化。

颜色选择:最大值和最小值的图片颜色

横/纵坐标字体大小:坐标轴中的字体大小

cell字体大小:小方格中的数值大小,选择0则为不显示数字。

按行/列分割:根据聚类方式,将热图按照行或列分割成小模块。

分组信息:点击“编辑”对样品名和组名进行修改,修改后请点击“保存”。


image (1).png




4. 下载文件

点击“运行”开始作图,点击“下载”保存PDF格式的矢量图。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。


5. 作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。



6. 写作建议:Spearman/Pearson correlation by xxx abundance. Only significant values (p < 0.05/0.01 after FDR adjustment) are shown. Orange and blue colors (替换颜色) represent significant negative correlations and positive correlations. Darker color represents stronger correlations.


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