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操作说明
Lefse分析
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Lefse分析
操作说明

a)登录TUTU云平台(https://www.cloudtutu.com/#/login)点此登录;

b)默认账号密码已填好,输入验证码即可登录;

c)找到“Lefse”进入作图界面。


1.说明

Lefse(LDA Effect Size)分析是一种用于发现和解释高维度数据的基因、通路和分类单元相关等生物标识的分析工具,通常可以进行两个或多个分组的比较,能够找出组与组之间寻有差异的生物标识。在微生物多样性分析中,Lefse可用来分析微生物的组间差异,如菌群差异等等。TUTUCLOUD云平台提供在线做Lefse分析的工具,可获得LDA值分布柱状图以及特征表。


2.上传文件

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器可以识别)

a)准备一个数据矩阵(形式参照示例数据,如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵等等);

b)丰度文件表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU、基因ID等等;

c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。


3.参数设置

3.1 在界面右侧编辑分组信息:需要对所有样品进行分组,本网站支持在线修改分组名称的功能。

      有在线输入(方式一)和手动粘贴(方式二)两种方式。(绘图前必须检查分组名称)


4.下载文件

点击“运行”开始作图,点击“下载”保存图片或者表格(表格内容可先复制到记事本中查看)。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。


5.作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。


6.写作建议

XXXX was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website.





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