绘图导航
  • 基础绘图
  • 高级绘图
  • 微生物
  • 转录组
操作说明
UMAP
分享到:
UMAP
操作说明

a)登录TUTU云平台(https://www.cloudtutu.com/#/login),点此登录;

b)默认账号密码已填好,输入验证码即可登录;

c)找到“UMAP”进入作图界面。


1.说明

UMAP(Uniform Manifold Approximation and Projection)是一种可伸缩的降维方法,在单细胞基因组学中应用广泛,它能最大程度保留原始数据特征的同时大幅度降低特征维数。相对于t-SNE降维方法,UMAP能弥补t-SNE在高维单细胞分析中容易丢失大规模信息(集群间关系)、计算时间较慢以及无法有效地表示非常大的数据集等方面的不足。

2.上传文件

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器可以识别)

a)准备一个数据矩阵(形式参照示例数据,如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表,也可以是测量数据,例如身高、体重、表型等);

b)表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU、基因ID、身高、代谢物名称等;

c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。


3.参数设置

3.1 在界面右侧编辑分组信息:需要对所有样品进行分组,本网站支持在线修改分组名称的功能。

     有在线输入(方式一)和手动粘贴(方式二)两种方式。(绘图前必须检查分组名称)


3.2 元素大小:图中显示的元素图形大小

3.3 是否添加椭圆:

      椭圆1:按正常计算方法可能画不出椭圆

      椭圆2:强制添加椭圆

      否:不添加椭圆

3.3 椭圆粗细:按需自行设置

3.4 领域采样点数量:领域采样点数量请小于样本数

3.5 标签大小:图中整体图形及图例文字大小设置


4.下载文件

点击“运行”开始作图,点击“下载”保存PDF格式的矢量图。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。


5.作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。


6.写作建议

XXXX was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website.








推荐使用谷歌浏览器点击下载