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操作说明
FAPROTAX
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FAPROTAX
操作说明

a)登录TUTU云平台(https://www.cloudtutu.com/#/login)点此登录;

b)默认账号密码已填好,输入验证码即可登录;

c)找到“FAPROTAX”进入作图界面。


1.说明

在微生物多样性分析中,FAPROTAX数据库是常用的群落功能注释数据库。FAPROTAX数据库是Louca等人根据已发表的文献手动构建的数据库,目前收集自4600多个原核微生物的80多个功能分组7600多条功能注释信息,并且现在仍在持续更新。FAPROTAX数据库在注释海洋湖泊生物化学过程(硫、氮、氢和碳循环)中的功能、土壤微生物的功能等等应用较多且效果不错。TUTUCLOUD网站提供在线实现FAPROTAX数据库功能注释的工具,并通过柱状图的形式展示其可视化成果。


2.上传文件

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器可以识别)

a)准备一个数据矩阵(形式参照示例数据,如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表等等);

b)表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU、基因ID、代谢物名称等,最后一列必须添加taxonomy;

c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事

本中,将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。


3.参数设置

3.1 绘图类型:目前平台提供柱状图的绘图类型

3.2 自定义标题、横/纵坐标:按需自行设置

3.3 柱状图类型:fill、stack

3.4 绘图数量:绘制的元素数量

3.5 是否绘制others:others表示剩余元素的合并

3.6 柱宽度、横/纵坐标字体大小、图例大小、横坐标字体旋转及图片DPI(图片像素)等:按需自行设置


4.下载文件

根据个人需求进行参数调整后点击运行,平台提供PDF文件以及表格下载。


5.作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。


6.写作建议

XXXX analysis was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website.







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