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2021-07-15
R笔记R包R数据集 R包【安装包】#指令下载R安装包install.packages("packge-name")#通过以下步骤安装点击右下方页面窗口中的“packages”--“install”进行安装,输入所要安装的R包名,默认从官网上下载#对于版本不合适的使用bioconductor安装if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRU...
2021-07-13
看到了一个ggbreak包中scale_x_break、scale_y_break截断坐标轴的参数应用,以下是应用的一个小例子。#先画一个基础柱状图library(ggplot2)library(ggbreak)library(patchwork)d<- data.frame(  x=c(1:10) ,    y=c(2,14,3,17,50,68,71,64,32,99))#绘制基础柱状图...
2021-07-03
又来一个气泡图#气泡图library(ggplot2)library(reshape2)data=as.data.frame(read.table("PCA_testdata.txt",header = T,sep="\t" ,check.names=FALSE))[c(1:10),]y=melt(data)colnames(y)=c("id","sample","count")p = gg...
2021-07-02
R语言绘制甜甜圈图看到挺多小伙伴画这个图了,甜甜圈图,小编也试着画了一画,大家可以瞅瞅。library(ggplot2)library(dplyr)#数据df <- read.csv("otu_table3.csv", header = T, check.names=F)hsize <- 3 #调整圆环的刻度df <- df %>%  mutate(x = hsize)M01单个样本所含细菌...
2021-07-02
R语言绘制哑铃图Dumbbell plot代码参考library(ggplot2)library(reshape2)#数据处理data <- read.csv("otu_table2.csv", header = T, check.names=F)data_melt <- melt(data,id.vars = "Id")#默认绘图p1 <- ggplot(data_melt,aes(x =...
2021-07-02
云雨图代码参考##云雨图library(ggplot2)library(geneRal)library(tidyr)library(dplyr)#模拟数据dat <- data.frame('group'=c(rep("c",30),rep("t",30),rep("v",30)),                  'shannon'=c(rnorm(30,20,3),rnorm(30,1...
2021-07-02
R语言绘制环状热图最近学习了简单绘制环状热图的参数,以下是绘图的小示例。#简单绘图library(reshape)library(ggplot2)# 创建数据set.seed(8)m <- matrix(round(rnorm(200), 2), 25, 25)colnames(m) <- paste(1:25)rownames(m) <- paste(1:25)df <- melt(m)c...
2021-07-02
R绘制堆叠面积图的小示例areaplot包绘制堆叠面积图library(areaplot)#数据df <- longleyx <- df$Yeary <- df[, c(1, 2, 3, 4, 6, 8)]# 颜色cols <- hcl.colors(6, palette = "viridis", alpha = 0.8)#绘图areaplot(x, y, prop = TRUE, col ...
2021-07-02
R语言绘制waffle chartlibrary(waffle)library(ggplot2)library(dplyr)# 创建数据集df <- data.frame(group = LETTERS[1:5],                 value = c(25, 16, 21, 15,23 ))# 绘图ggplot(df, aes(fill = group, values = v...
2021-07-02
最近有小伙伴问到带mantel test检验的相关性矩阵怎么画,于是小编就在网上找到了相关的绘图示例,整理了网上各位大神关于ggcor包的下载以及该包自带的示例代码供各位小伙伴参考使用~首先是要安装ggcor这个包。由于该包的作者已经下架了这个包,所以只能自己下载压缩包本地安装,小编主要参考的是这篇文章,下面主要是该篇文章的复刻:https://www.zhihu.com/question/...
2021-07-02
fmsb包绘制雷达图##雷达图library(fmsb)##模拟数据#设置取值范围max_min <- data.frame(输出=c(50, 0),生存=c(50, 0),团战=c(50, 0),发育=c(50, 0),KDA=c(50, 0)) #转换成数据框dat.A<- data.frame(输出=40,生存=30,团战=15,发育=25,KDA=20)dat.A2<-rbind(m...
2021-07-02
Beeswarm 蜜蜂图beeswarm包画蜜蜂图install.packages("beeswarm")library(beeswarm)#beeswarm包的数据集data(breast)head(breast)beeswarm(time_survival ~ ER, data=breast,pch=16, pwcol=1+as.numeric(event_survival),xlab=...
2021-07-02
维诺图Voronoi diagramsdeldir包绘制Voronoi图#install.packages("deldir")library(deldir)# dataset.seed(1)x <- runif(60)y <- runif(60)# Calculate Voronoi Tesselation and tilestesselation <- deldir(x, y)tiles ...
2021-07-02
vcd包绘制三元相图【示例文件】new_otu_table.txt#install.packages("vcd")library(vcd)data = read.table("new_otu_table.txt",head=T,sep="\t",comment.char = "")data1=head(data,n=20)c=data1[c("A5","A7","B1")]d<-as.mat...
2021-07-02
以下是scatterplot3d、Plot3D、rgl包绘制三维散点图的小示例。【Iris数据集】scatterplot3d包绘制三维散点图#scatterplot3d 包,详情 ?scatterplot3dlibrary(scatterplot3d)attach(iris)#绘图scatterplot3d(Sepal.Length, Sepal.Width, Petal.Length)Pl...
2021-07-02
ggplot2绘制Streamgraph代码如下# install.packages("ggstream") 安装包library(ggstream)library(ggplot2)colors <- c("#6181BD4E","#F348004E","#64A10E4E","#9300264E","#464E044E")#绘图ggplot(blockbusters, aes(x = ye...
2021-07-02
R语言绘制Bump Chart的小示例# install.packages("tidyverse")# install.packages("ggbump")library(tidyverse)library(ggbump)#创建数据集:各类商品2018-2021年的销量排名year <- rep(2018:2021, 7)position <- c(2,6,5,1,1,5,1,3,5,3,2...
2021-07-02
R语言|绘制棒棒糖图library(ggplot2)# 创建数据框city<-c("广东","江苏","山东","浙江","河南","四川","福建","湖北","湖南","上海","安徽","河北","北京","陕西","江西","辽宁","重庆","云南","广西","贵州","山西","内蒙古","天津","新疆","黑龙江","吉林","甘肃","海南","宁夏","青海","西藏"...
2021-07-02
偏最小二乘法判别分析(PLS_DA)是一种用于判别分析的多变量统计分析方法,一种根据观察或测量到的若干变量值,来判断研究对象如何分类的常用统计分析方法。对不同处理样本(如观测样本、对照样本)的特性分别进行训练,产生训练集,并检验训练集的可信度。以下是PLS_DA分析绘图的一个小示例。(本文仅作绘图示例,不涉及分析说明)【示例数据】1.test.txt2.group.txt   【绘图代码】i...
2021-07-02
REmap包绘制2020年我国31个省市自治区GDP总量区域热力图今天用的是REmap包中的remapC()函数绘制分块区域热力,下面以2020年我国各省31各省市自治区GDP总量数据(单位是亿元)为例画一个分块区域热力图,展现不同省市GDP总量分布效果。library(REmap)options(remap.js.web=T)##创建数据框city<-c("广东","江苏","山东","浙...
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